Der Pfalzgraf von Tübingen gründete das Kloster Bebenhausen in der Zeit um 1183/84. Er ließ dort zunächst den Prämonstratenserorden ansiedeln, vermutlich weil dieser Orden die Grabstätten von Laien in ihren Klöstern gestatteten und Rudolph sich auch eine Grablege verschaffen wollte. 1190 ging das Kloster an den Zisterzienserorden über. Pfalzgraf Rudolph von Tübingen liegt, wie auch seine Gemahlin Mechthild, im Kloster Bebenhausen im Kapitelsaal begraben, obwohl die Zisterzienser eigentlich eine solche Grablege laut ihren Ordensregeln nicht erlaubten. Vielleicht ziert das Grab aus diesem Grund eine schmucklose Grabplatte ohne Inschrift, was für einen Mann seines Standes und seiner Bedeutung ungewöhnlich ist.
Im Jahr 1098 gründeten Mönche unter Abt Robert von Molesme ein benediktinisches Reformkloster in Cîteaux (daher der Name Zisterzienser), dem 1112 der junge Adelige Bernhard von Clairveaux beitrat. Unter seiner Leitung gründeten 12 Mönche 1115 das Kloster Clairveaux, das sich mit allein 68 Tochterabteien schnell in ganz Europa ausbreitete. Bernhard von Clairveaux war einflussreicher Ratgeber der Mächtigen seiner Zeit und sorgte für die weitreichende Bedeutung der Zisterzienser. Typisch für den Orden waren die Einfachheit der Liturgie, die Schmucklosigkeit ihrer Kirchen und der von strengen Regeln geprägte Baustil. Die starke Betonung der Handarbeit (Ora et Labora = Bete und Arbeite) führte zu bedeutenden Leistungen auf dem Gebiet der Landkultivierung.
Der erste König Württembergs ließ sich das frühere Abtshaus des Klosters Bebenhausen als Jagdschloss ausbauen. Bebenhausen wurde nun Mittelpunkt prächtiger Hofjagden, die den Willen des Königs nach Repräsentation aufs beste erfüllten. Berühmt ist das Dianenfest aus dem Jahr 1812, dem der Hofdichter Friedrich Matthisson literarisch huldigte.
Der Neffe des Herzogs Carl Eugen hat sich vor allem wegen seiner Leibesfülle als der "dicke Friedrich" im Gedächtnis der Württemberger erhalten.
Während seiner Regierung wurde Württemberg bedeutend vergrößert und zuerst 1803 zum Kurfürstentum, 1806 zum Königreich erhoben. Der Preis für die Erhöhung war die Annäherung des Landes an Frankreich und Napoleon. Friedrich gelang es, dem Land eine straffe, zentrale Struktur zu geben.
Der deutsche Philosoph stammte aus einer württembergischen, pietistischen Pfarrerfamilie. In den Jahren 1786 -1790 war er Schüler der evangelischen Klosterschule Bebenhausen, wo sein Vater als Professor lehrte. Im Anschluss an diese Schulzeit tritt er ins Tübinger Stift ein und schließt dort Freundschaft mit Hegel und Hölderlin.
Schelling wird auf Vermittlung von Goethe, Schiller und Fichte 1789 Professor in Jena. Seit 1803 lehrt er in Würzburg, 1827 in München und ab 1841 in Berlin. Seine philosophischen Studien definieren u.a. die Aufgabe der Philosophie, die darin bestehe, in den ursprünglichen Zustand der Einheit von Mensch und Natur zurückzuführen. In seinem Spätwerk versucht Schelling eine philosophische Durchdringung von Grundlehren des Christentums. Schellings Denken beeinflusste Schopenhauer, Nietzsche, Freud, Kierkegaard und Heidegger.
Der zweite württembergische König hatte kein großes Interesse am Jagen und hielt sich deshalb selten in Bebenhausen auf. Er übertrug es 1819 an den württembergischen Staat. Seine Verdienste um das Kloster liegen in der 1850 eingeleiteten Restaurierung und Instandsetzung großer Teile der Klostergebäude.
Während seiner Regierungszeit (1816-64) betrieb Wilhelm I. eine solide Innenpolitik und versuchte durch wechselnde Bündnisse mit den Großmächten ein Gleichgewicht im Verhältnis der Länder in einem föderal verfassten Deutschlands zu erreichen. Beim württembergischen Volk war der König mehr geachtet als geliebt, man verehrte vor allem seine früh verstorbene zweite Frau, die Zarenschwester Katharina von Russland.
Der schwäbische Dichter und evangelische Pfarrer, als subtiler Lyriker bekannt, besuchte Bebenhausen in den Jahren 1863 und 1874 zur Sommerfrische. Er wohnte im sogenannten "Gasthaus" nördlich des Klosters bei der befreundeten Familie Kielmeyer. Diese ehemalige "Taberna" steht auch heute noch. Im Kloster Bebenhausen dichtete Mörike seine "Bilder aus Bebenhausen", elf Gedichte, die dem Kloster und der umgebenden Natur ein literarisches Denkmal setzen.
"Nachmittags"
Drei Uhr schlägt es im Kloster. Wie klar durch die schwülige Stille
Gleitet herüber zum Waldrand mit Beben der Schall, Wo er lieblich zerfließt, in der Biene Gesumm sich mischend
Das mich Ruhenden hier unter Tannen umgibt.
König Karl besuchte Bebenhausen häufig und ließ sich für seine Aufenthalte das erste Obergeschoss des ehemaligen Klostergästehauses zu Privaträumen umgestalten. Nach dem Geschmack der Zeit wurden die königlichen Appartements im historistischen Stil neugotisch und altdeutsch ausgestattet.
Um noch weitere Räumlichkeiten zur Verfügung zu haben, ließ der König die an das Gästehaus angrenzende Abtsküche aufstocken und dort ein persönliches Appartement einrichten. Auch König Karl widmete sich der Restaurierung des Klosters, u.a. konnte 1885 die Kirche wieder eingeweiht werden.
Karl wurde als der ersehnte Thronfolger in der dritten Ehe seines Vaters, Wilhelm I. geboren. Nach sorgfältiger Erziehung pflegte er sein Leben lang geistige und soziale Interessen. Sein fünfundzwanzigjähriges Regierungsjubiläum bot, trotz mancher Entfremdung und manchen Konflikts des Monarchen mit seinem Volk, das ihn nicht übermäßig verehrte, Anlass für die Rückschau auf ein "mildes und gütiges" Regiment.
Königin Olga begleitete Ihren Gemahl, König Karl häufig nach Bebenhausen. Die Heirat der russischen Großfürstin mit dem württembergischen Thronfolger 1846 hatte an vielfältige dynastische Beziehungen zwischen den beiden Häusern angeknüpft und Olga wurde in Württemberg auch aufgrund ihrer "wahrhaft fürstlichen Haltung" anerkannt.
Auf sozialem Gebiet strebte sie Königin Katharina nach, ohne jedoch ein so großes persönliches Vermögen wie diese einsetzen zu können. Die Kinderlosigkeit des Königspaares erwies sich als ernstes Problem auch für ihre Ehe. Im Jahr 1870 adoptierte man Olgas Nichte Wera. Königin Olga liegt in der Schlosskirche in Stuttgart begraben.
König Wilhelm II. war ein leidenschaftlicher Jäger und weilte oft in Bebenhausen. Auch er ließ zahlreiche Um- und Ausbauten vornehmen. So verlegte man die Hofküche in den ehemaligen Krankenbau des Klosters und ließ diesen sogenannten Kapfschen Bau für das Hofgefolge im englischen Landhausstil umbauen.
Moderne hielt nun Einzug in Bebenhausen: eine moderne Küche mit Speiseaufzug, ein komfortables Badezimmer für die Königin und Ausgestaltungen im Jugendstil vervollkommneten das Schloss.
Nach der Revolution von 1918 erhielt das Königspaar das lebenslange Wohnrecht in Bebenhausen und zog sich ganz hierher zurück. Wilhelm starb 1921 in Bebenhausen und liegt auf dem Alten Friedhof in Ludwigsburg begraben.
Auch die Königin pflegte eine ausgeprägte Jagdleidenschaft, die als ebenso ausgefallen galt wie ihre Neigung zu sportlicher Betätigung, u.a. zum Skifahren. Im Jahr 1886 heiratete sie den württembergischen Thronfolger Wilhelm II., für den es, nach dem Tod seiner ersten Frau, die zweite Ehe war.
Während der König bei der Bevölkerung sehr beliebt war, begegnete man der Königin zurückhaltend. Gründe hierfür mögen ihre deutliche Zurückhaltung bei den Repräsentationspflichten und ihr ausgesprochenes sozialpolitisches Engagement gewesen sein, das ganz besonders frauenpolitische Belange hinsichtlich der "Selbständigkeit der Frauenwelt" vertrat.
Königin Charlotte starb fünfundzwanzig Jahre nach ihrem Mann als Herzogin von Württemberg in Bebenhausen, wo sie die Räume König Karls bewohnt hatte. Ihre Ehe war kinderlos geblieben.
In den Jahren 1947-1952 nutzte der Landtag von Württemberg-Hohenzollern die ehemaligen Klostergebäude auf französische Anweisung als Wohn- und Tagungsort. Die südwürttembergische Regierung und die Volksvertreter strebten nach einer Wiedervereinigung aller amerikanisch und französisch besetzten Landesteile und seit 1948 nach einem Südweststaat als größere Lösung. In Bebenhausen wurden die neue Verfassung und eine Reihe von Gesetzen ausgearbeitet.
Die 60 Abgeordneten genossen keinerlei Luxus, sie lebten und arbeiteten unter spartanischen Verhältnissen. Der "Geist des asketischen Klosters" ist in den Zeugnissen aus dieser Zeit ein vielbeschworener Umstand.