Kloster Bebenhausen wurde vermutlich um 1183/84 durch Pfalzgraf Rudolph von Tübingen gegründet. In einer Urkunde Herzog Friedrichs von Schwaben aus dem Jahr 1187, die dem Kloster Nutzungsrechte im Schönbuch verleiht, findet es seine erste schriftliche Erwähnung.
Zunächst wählte Rudolph von Tübingen den Prämonstratenserorden zum Bezug Kloster Bebenhausens aus, dessen Regularien eine weltliche Familiengrablege der Pfalzgrafen erlaubt hätten. Doch schon vor 1191 verließen die Mönche Bebenhausen wieder, ohne bestimmten Grund. Im Jahr 1190 übernahmen die Zisterzienser das Kloster.
Der Bau der Klosteranlage im ausgehenden 12. und beginnenden 13. Jahrhundert mit Kirche, Kreuzgang und den anschließenden Gebäuden folgte den Maßstäben der zisterziensischen Architektur, die Selbstbeschränkung, Zurückhaltung , Verzicht und Askese vorschrieben. Bebenhausen entwickelt sich zu einem blühenden Kloster, das zu den reichsten in Württemberg gehören wird.
Kirche: Die Klosterkirche wurde als erstes Gebäude begonnen: eine schlichte flachgedeckte Pfeilerbasilika mit vier am Querhaus angefügten Nebenkapellen und gerade geschlossenem Chor. Sie wurde 1228 der Ordenspatronin Maria geweiht. Im 14. Jahrhundert ließ Abt Konrad von Lustnau Veränderungen im hochgotischen Stil , z.B. die Chorfenster, einbauen.
Klausur: Bis zur Mitte des 13. Jahrhunderts entstand der Ostflügel der Klausur, in dessen Räumen sich das zurückgezogene Leben der Mönche abspielte. Eine innere Klostermauer, erbaut 1281 - 1303, umschloss den engeren Klosterbezirk mit Klausur, wichtigen Nebengebäuden und den Friedhof.
Um 1225/28 war der zweitwichtigste Raum des Klosters, der Kapitelsaal, vollendet. Hier versammelte sich der Konvent. Entgegen klösterlicher Vorschrift wurden hier auch Laien und nicht nur die Äbte bestattet. Auch heute findet man im Kapitelsaal u.a. noch die Grabplatten des Klosterstifters Rudolph von Tübingen und seiner Gemahlin Mechthild. Weitere Räume wie das Winterrefektorium (1510), das Dormitorium mit 29 Einzelzellen, das Parlatorium (Raum in dem gesprochen werden durfte), die Bruderhalle, das Kalefaktorium (Wärmestube) vervollständigen den Klausurbereich.