In der Zeit der Hochgotik bot der wachsende Reichtum des Klosters die Grundlage für Umbauten und Erweiterungen der Klosterkirche. In der Reformationszeit ließ Herzog Ulrich I. von Württemberg einen Teil des Kirchenschiffes abreißen, um mit den Steinen sein Schloss Hohentübingen auszubauen.
Schmucklos schlicht und trotzdem schön.
Der Anfangsbau der Klosterkirche, von den Zisterziensern am Ende des 12. Jahrhunderts in Angriff genommen, war schnell vollendet, sodass der Bischof von Konstanz schon 1228 die Kirche weihen konnte. Typisch für die Architektur des Zisterzienserordens war eine flach gedeckte, dreischiffige Pfeilerbasilika mit wenig betonten Querhausarmen und einem rechteckigen Chorabschluss. Wie alle Zisterzienserbauten war die Kirche der Ordenspatronin Maria gewidmet – und schmucklos schlicht.
Im 14. Jahrhundert gab es einige Umbauten.
In der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts gab Abt Konrad von Lustnau für die Klosterkirche erste Umbauten im Stil der oberrheinischen Hochgotik in Auftrag. Berühmt ist jedoch das während seiner Amtszeit entstandene Sommerrefektorium. Außerdem ließ Konrad das monumentale Chorfenster einbauen sowie eine heute nicht mehr erhaltene Grabkapelle am Nordquerhaus errichten. Gut 80 Jahre später stiftete Abt Peter von Gomaringen den eleganten Vierungsturm, den Bruder Georg, ein Zisterzienserbaumeister aus Kloster Salem, schuf.
Staunenswert: die Verzierungen an der großen Kanzel.
Bis zum ersten Viertel des 16. Jahrhunderts wurde die Kirche des wohlhabenden Klosters verschönert: Chor, Vierung und Querhaus erhielten aufwendige Stern- und Netzgewölbe und 19 reich ausgestattete Altäre aufgestellt. Die Reformation bedeutete einen Einschnitt: Herzog Ulrich I. von Württemberg schien die Kirche viel zu groß, sodass er 1537 das gesamte Schiff bis zum Querhaus einreißen ließ. Die Quader verwendete er für andere Bauprojekte. 30 Jahre später erhielt die Kirche ihre heutige Größe. Erst im 19. Jahrhundert kamen die Orgel und die Emporen dazu.
Tafelbild als Beispiel für die einst reiche Ausstattung der Klosterkirche.
Von der Ausstattung des Mittelalters haben sich nur Reste erhalten. Die Verglasung des Maßwerkfensters im Chor hatte Herzog Carl Eugen 1781 zum großen Teil nach Schloss Hohenheim bringen lassen; so ist heute nur noch wenig davon in Bebenhausen zu sehen. Eindrucksvoll ist die Renaissance-Kanzel des Bildhauers Konrad Wagner in ihrer kräftigen Farbigkeit. Epitaphien – Grabmale – und Gemälde schmücken die Seitenschiffe und das Nordquerhaus, Kunstwerke aus Spätrenaissance und Barockzeit.
Besonders eindrucksvoll: die farbige Kanzel in der Kirche.
